Namun, manusia merencanakan, tetapi Tuhan jugalah yang menentukan. Pada bulan Mei, tahun 2006, terjadi gempa yang dahsyat di Yogyakarta. Masjid yang hendak kita lindungi dan pertahankan tersebut, terkena gempa juga. Dan oleh tim ahli independen dari ITB, UGM dan UNAIR, bangunan masjid tersebut dinyatakan tidak boleh dan tidak bisa digunakan lagi. Selama 4 tahun lebih, warga kampus tidak memiliki masjid. Untuk sementara digunakan gedung Multipurpose sebagai masjid. Warga kampus telah merindukan hadirnya sebuah masjid baru pascagempa 2006. Itulah sebabnya, maka mulai tahun 2007 s.d. 2010, Masjid UIN Sunan Kalijaga dibangun kembali dengan dana APBN selama 3 (tiga) tahun berturut-turut, yaitu tahun anggaran 2007, 2009, dan 2010.

Masjid terletak di tengah-tengah bangunan gedung perkantoran, fakultas, lab, dan infrastruktur kampus lainnya. Letaknya central, di tengah, dan lurus ke kiblat. Masjid menjadi bangunan yang paling tampak dan menonjol bila dilihat dari berbagai sisi. Masjid juga menjadi bangunan yang paling tinggi dan mudah dilihat dari atas/lebih-lebih dari pesawat. Ini menunjukkan bahwa masjid adalah bangunan paling penting, menjadi meeting point bagi seluruh sivitas akademika UIN Sunan Kalijaga. Masjid menjadi tempat belajar bersama, tempat bertemunya mahasiswa, dosen, dan karyawan dari 7 fakultas yang ada dan Program Pascasarjana. Bertemunya banyak orang dari berbagai fakultas, jurusan dan program studi di Masjid ini diharapkan menjadi awal terjadinya sharing pengalaman akademik dan sosial di kalangan sivitas akademika. Dari masjid ini kita berharap upaya integrasi dan interkoneksi bidang keilmuan dapat terwujud secara bertahap, mereka yang menekuni ilmu agama dapat belajar dari koleganya yang menekuni sains dan teknologi serta sosial dan humaniora, begitu juga sebaliknya, mereka yang menekuni sains, sosial dan humaniora juga mahir, dan cakap memahami keislaman secara komprehensif - menyeluruh.

Sharing antarsivitas akademika sebagaimana disebut di atas sangat mungkin terjadi, karena masjid juga dilengkapi dengan fasilitas bagi mereka untuk saling bertemu seperti Kantin Universitas yang sangat luas, selasar – yang menjadi bagian tidak terpisahkan dari bangunan utama masjid - yang memanjang dan nyaman, Convention Hall/(Di sebelah Barat bangunan Laboratorium Agama/Masjid) yang dapat menampung 500an orang, dilengkapi air mancur dengan 9 titik semburan, Observatium untuk melihat tata surya, dan lansekap yang harmonis. Inilah nilai tambah dari desain arsitektural masjid kita. Meskipun tampak biasa, tetapi ini betul-betul fungsional. Dengan demikian, Masjid ini didesain untuk memudahkan sivitas akademika untuk melakukan hablum minallah, minan-nas, dan minal ‘alami. Masjid juga didesain untuk menampung jamaah dengan jumlah besar (4000 orang).

• Islamicity: Pertama, Masjid Sunan Kalijaga ini dibangun menghadap kiblat. Masjid yang lama tidak menghadap kiblat. Kedua, tulisan kaligrafi Arab dalam berbagai jenisnya, baik naskhi, rik’i, kufi, tsulusi, diwani, dan lain sebagainya. Pesan-pesan dalam kaligrafi juga sangat variatif sesuai visi, misi, dan tujuan UIN Sunan Kalijaga. Ketiga, secara arsitektural masjid ini selaras (tawazun), sederhana (basatah) dan teratur (murattabah). Keselarasan, terungkap dalam penampilan yang selalu menghadirkan relung-relung/lubang-lubang cekungan yang ada pada sosok bangunan, sebagai manifestasi keselarasan dengan alam lingkungan yang masih cukup alami di sekitar sosok bangunan tersebut berada. Kesederhanaan, tampak pada ornamen atau pun bentuk tampilan yang dimunculkan. Demikian juga dengan bentuk selubung atapnya yang mengadopsi bentuk limasan yang lugas/polos, sederhana, apa adanya, yang berorientasi ke atas sampai yang tak terhingga. Bentuk yang sangat akrab dengan lingkungan hunian yang ada di sekitarnya. Keteraturan, terwujud pada perulangan-perulangan yang terjadi pada penampilan fasade (perpaduan bentuk) bangunannya. Baik berupa penampilan komposisi garis-garis horisontal atau vertikal, maupun bidang-bidang yang masif atau berongga. Kesemuanya berparade dalam suatu barisan fasade bangunan yang menghasilkan suatu komposisi yang kompak dan teratur.

• Locality: secara arsitektural, masjid ini juga memperhatikan budaya lokal, Jawa. Masjid ini memiliki desain limasan yang mencerminkan unsur-unsur dari budaya (Jawa) yakni kepribadian dan vitalitas. Yang pertama, menunjuk pada kohesi dan integrasi budaya itu sendiri, yang pada dasarnya menentang perubahan dan mempertahankan keaslian, sedangkan yang kedua, mengacu pada daya penyesuaian dengan masalah-masalah baru dan kontemporer. Jika komponen pertama memungkinkan suatu masyarakat mencari jawaban otonom yang cocok tanpa harus terpaku kepada kelompok lain, maka komponen kedua memungkinkan adanya usaha pengembangan yang dapat mengubah tujuan-tujuan budaya sehingga secara kultural, ada kaitan erat antara pengembangan/perubahan dan pandangan hidup seseorang. Di belakang papan nama Laboratorium Agama/Masjid Sunan Kaljaga dicantumkan salah satu pesan dan ungkapan Sunan Kalijaga, nama wali penyebar Islam di tanah Jawa yang diambil oleh para pendiri Perguruan Tinggi menjadi nama Universitas Islam ini, yang berbunyi: “Hanglaras Ilining Banyu; Ngeli Hananging Ora Keli”. Maksud dari ungkapan ini adalah bahwa “dalam mengarungi kehidupan, manusia sebaiknya menjalani hidup seperti air yang mengalir; manusia mengikuti air mengalir, tetapi manusia tidak boleh larut dan hanyut”. Pesan dan ungkapan Sunan Kalijaga tersebut sungguh mengandung nilai-nilai religiusitas dan spiritualitas yang tinggi lebih-lebih di era globalisasi, mengandung sebuah kepasrahan yang sangat dianjurkan dalam tasawuf Islam, namun manusia tidak harus menentang sebuah perubahan selama perubahan itu positif.

• Modernity: Sejalan dengan core dan model kajian keilmuan dan keislaman/keagamaan di UIN Sunan Kalijaga, yang bersifat integratif dan interkonektif, maka kesadaran perlunya menjaga lingkungan alam semesta (ekologis), kebersamaan sosial (inklusif) dan nilai-nilai ekonomi tercermin dalam kelengkapan fasilitas bangunan masjid. Pertama, kesadaran ekologis tergambar bahwa sisa atau bekas air wudhu tidak dibuang mengalir ke luar begitu saja, tetapi ditampung dalam Ground Reservoir. Air yang tertampung di Ground Reservoir kemudian dimanfaatkan untuk menyirami tanaman di sekitar kampus dan untuk kepentingan yang lain. Selain itu, masjid ini didesain tidak menggunakan air conditioning, tetapi memanfaatkan lalu lintas angin yang secara alami akan mendinginkan ruangan. Kedua, inklusifitas masjid tergambar dalam bangunan yang ramah terhadap difabel (different ability), golongan masyarakat yang berkebutuhan khusus (cacat) seperti tuna netra dan tuna daksa. Selain itu, juga disediakan fasilitas tempat duduk khusus bagi para orangtua dan obesitas (kegemukan) yang tidak mampu untuk berdiri maupun duduk bersila yang terlalu lama. Nilai ekonomi dan efisiensi ruang tergambar juga dalam pemanfaatan ruang di bawah bangunan masjid sebagai Kantin Universitas, tempat bertemunya dosen, karyawan, mahasiswa dan para tamu lainnya.

Dengan mempertimbangkan ketiga makna arsitektural yang melekat pada bangunan masjid, maka nilai-nilai, dan makna-makna yang melekat dalam bangunan dan fasilitas Laboratorium Agama/Masjid sekaligus berfungsi sebagai pemberi inspirasi, motivasi dan pedagogis kepada dosen, mahasiswa dan masyarakat serta pengunjung pada umumnya. Masjid baru ini, tidak hanya berfungsi secara ritual-peribadatan, tetapi juga menyandang predikat sebagai “Laboratorium” Agama. Tempat mahasiswa dan para pengunjung lainnya untuk mengasah olah pikir, olah hati, olah rasa, dan olah seni, dalam memahami agama. Kehidupan agama yang tidak terpisah dari makna dan nilai-nilai kultural, ecological, inklusivitas sosial, dan ekonomi.

• Sebagai pusat kegiatan ibadah dan keislaman, baik berupa dakwah, kajian, pelatihan, maupun layanan publik dalam bidang keislaman di lingkungan UIN Sunan Kalijaga yang didukung oleh sustainabilitas jangka panjang.

• Sebagai pusat pengembangan dan kajian Core Values UIN Sunan Kalijaga, khususnya integrasi – interkoneksi keilmuan umum dan keislaman yang bermuatan nilai –nilai dedikatif-inovatif, inklusif dan continuous improvement.

• Sebagai pusat syi’ar UIN Sunan Kalijaga dalam bidang keislaman dan sosial kemasyarakatan guna meningkatkan distinctive competitiveness value institusi yang membawa kemaslahatan bagi masyarakat.

Sebagai pusat kegiatan ibadah dan kegiatan keislaman, diharapkan Laboratorium Agama menjadi pusat seluruh kegiatan ibadah keislaman yang ada di lingkungan UIN Sunan Kalijaga. Warga Kampus (Dosen, Karyawan, dan Mahasiswa) diharapkan dapat melakukan ibadah rutin, mulai dari salat lima waktu, khususnya salat Dhuhur antara pukul 11.30 s.d. 12.30, mengaji, salat Jum’at, salat Dhuha, Peringatan Hari Besar Islam, serta berbagai kegiatan keislaman lainnya di Masjid Sunan Kalijaga. Selain dari itu, Masjid Sunan Kalijaga juga diharapkan dapat menjadi pusat dakwah dan pengembangan masyarakat Islam di lingkungan UIN Sunan Kalijaga kepada masyarakat luas dan menjadi pusat pengembangan human capital dalam bidang keislaman melalui berbagai pelatihan yang diselenggarakan.

Ke depan, diharapkan Masjid Sunan Kalijaga dapat menjadi pusat pembelajaran bersama di lingkungan UIN Sunan Kalijaga yang ramah dan santun menyapa masyarakat dengan berbagai kompleksitasnya dengan menggunakan berbagai metode dakwah kontemporer termasuk Portal e-dakwah, web site, maupun metode komunitas binaan serta berbagai metode yang telah lazim digunakan sebelumnya. Ke dalam,-di lingkungan sivitas akademika-termasuk sebagai media latih bagi mahasiswa senior dan dosen untuk menyiapkan materi khutbah Jum’at, juga khutbah nikah. Pada saatnya pengumuman sebelum salat Jum’at dimulai dapat digunakan bahasa Arab dan bahasa Inggris, supaya in line dengan Quality Assurance di UIN Sunan Kalijaga. Begitu juga penyampaian khutbah Jum’at.

Dalam konteks ini, Masjid Sunan Kalijaga diharapkan dapat menjalankan fungsi Pendidikan dan Sosial Kemasyarakatan sekaligus. Kegiatan – kegiatan sosial keagamaan seperti ‘amil zakat, infaq, dan sadaqah beserta distribusinya kepada kaum yang membutuhkan, pemberdayaan masyarakat binaan, maupun pengembangan sosial berbasis nilai-nilai keislaman akan menjadikan Masjid Sunan Kalijaga memberikan manfaat yang lebih luas pada sivitas akademika dan masyarakat. Jalinan kerja sama dan Networking dengan Badan Amil Zakat, Dompet Dhuafa dan lainnya akan mewarnai gerak dan aktivitas Laboratorium Agama/Masjid UIN yang baru ini.

Terima kasih kepada Konsultan Perencana, PT Wastumatra Kencana Indonesia, Konsultan Manajemen dan Pengawas, PT Cakra Manggilingan Jaya, serta seluruh kontraktor pembangunan baik PT Adi Karya Tbk (2007), PT Rahayu Trade and Contractor (RTC) (2009), dan PT Widya Satria (2010), yang secara berkesinambungan, selama tiga tahun berturut-turut menyelesaikan penyelesaian bangunan Laboratorium Agama/Masjid.

Kepada Kementerian Agama Republik Indonesia juga disampaikan banyak terima kasih atas peran dan dukungan penuhnya, sehingga bangunan laboratorium agama/masjid pascagempa Yogyakarta 2006 dapat diselesaikan dengan sempurna. Terakhir, terima kasih juga kami sampaikan kepada Dinas Pekerjaan Umum Propinsi, Kementerian Energi, Sumber Daya Mineral (ESDM), Daerah Istimewa Yogyakarta, dan Pemerintah Daerah Kabupaten Sleman, Muspika Kecamatan Depok, Banguntapan dan lebih-lebih kepada warga sekitar kampus.