Beasiswa BIDIKMISI dari Kementerian Agama Republik Indonesia disediakan bagi calon mahasiswa baru yang berprestasi dan berasal dari keluarga kurang mampu.
Lembaga pemerintah dan swasta yang selama ini memberikan beasiswa kepada para mahasiswa berprestasi UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta antara lain adalah:
Beasiswa Bidikmisi
Beasiswa DIKPORA
Beasiswa Bank Indonesia
Beasiswa Laziz PLN
Beasiswa Prodi keagamaan
Beasiswa Tahfidz Qur’an
Bank Negara Indonesia
Beasiswa prestasi dan akademik
Beasiswa Bank Pembangunan Daerah
Beasiswa PT. Djarum
Beasiswa Bank Syariah Mandiri
UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta termasuk perguruan tinggi tujuan penerima beasiswa Lembaga Pengelola Dana Pendidikan (LPDP) untuk program magister dan doktor.